منظومه شمسی مدتهاست که توسط یک نژاد بیگانه عجیب به نام گائونا نابود شده است. حال انسان‌ها به سختی در فضاپیماهایی که هزار سال پیش نیز برای فرار از آن استفاده می‌کردند، زندگی می‌کنند. پس از چندین سال، سیدونیا، یک فضاپیمای عظیم با جمعیت بیش از پانصد هزار نفر، بار دیگر توسط گائونا تهدید می‌شود و…
