داستان فیلم در فیلم گودزیلا منهای یک : کشور ژاپن پس از جنگ، ویران شده و در ضعیف‌ترین وضعیت خود قرار دارد که یک بحران جدید در قالب یک هیولای غول پیکر و ترسناک پدیدار می شود . کویچی شیکیشیما،مردی جوان که در تلاش است زندگی خود را پس از جنگ بازسازی کند. کویچی در ابتدا به گودزیلا به عنوان یک تهدید خارجی نگاه می کند، اما به تدریج متوجه می شود که گودزیلا نمادی از خشونت و ویرانی جنگ است...
