پدرخوانده با از دست دادن برادرش در جریان فعالیتهای تبهکارانه ی خانواده و مبارزه با دیگر خانواده‌ها و همچنین جداشدن همسرش تصمیم گرفته است تا فعالیتهای خانواده را کاملا قانونی کند. بدین منظور قصد دارد تا شرکتی که درآمد اصلی کلیسای واتیکان را تامین می‌کند خریداری نموده و مدیریتش را به دختر و پسرش واگذار کند. اما این معامله ایست پر سود و سران خانواده‌های مافیایی نیز خواهان شریک شدن در آن هستند. از طرفی در کلیسا نیز دستهایی پنهان در تلاش است تا جلو انعقاد این قرارداد را بگیرد. پدرخوانده نیز برای شریک نکردن سران مافیا تاوان سنگینی را خواهد پرداخت.
